Za dobrou praxi je ze strany jak odborné veřejnosti, tak i ministerstva vnitra považováno, když je předsedou kontrolního výboru zástupce opozičních zastupitelů. Ačkoliv zákon zakazuje stát se předsedou kontrolního výboru pouze starostovi a místostarostovi, dá se předpokládat, že kontrola plnění usnesení zastupitelstva obce a rady obce bude probíhat v zájmu občanů efektivněji, když ji bude kontrolní výbor řízen zástupcem opozice, než koaličním zastupitelem. Zažitou zvyklostí bývá například nabídnout post předsedy kontrolního výbor nejsilnějšímu opozičnímu uskupení v zastupitelstvu.